掌握和控制水体的生态条件，是探索生态防治鱼病的重要途径。

池塘的清理。即改善底质淤泥是养殖水体的耗氧源之一，也是病原体的藏身之处，其中还含大量有害物质；在缺氧、极端温度和极端气候等不良的情况下会产生硫化氢等有害气体，直接或间接引起鱼类发病或死亡。因此高产鱼池有必要每年清淤消毒。具体可在冬季干塘捕捞后，排干塘水，结合维修塘堤，清淤、铲除塘边杂草、进行晒塘处理。在投放鱼苗前一周，用生石灰（每亩150——200公斤）清塘消毒。

改造进排水系统。做到进排水道分开，防止鱼病的交叉传染，避免“老水”同灌，不同的池塘互相排灌，并能应付突发事故。

科学调节水质，包括物理、化学和生物方法。精养池塘采用水泵等适时抽取老水、更换新水也是行之有效的防病措施，但每次换水量应在20-30%。用增氧机增加水中溶氧及改善溶氧的分布状况，并排除有害气体等。对集约化养殖，养殖鱼类发病率在不同水温下有明显不同的特点，采用升高或降低水温的办法来减少疾病的发生。

主要的养殖鱼类都适宜生长在中性或微碱性水体中，偏酸性的水对养鱼有害处。利用生石灰可以达到清塘、消毒和调节水的酸碱度的目的。适当采用水质改良剂如沸石粉、麦饭石也可改善水质，有去除有害气体、有害离子的作用。

利用光合细菌、硝化细菌及复合微生物在水中增氧及分解有机物等来调节水质。水体透明度过小时，视情况可采用水生植物净化或用明矾沉淀有机物。 （渔业）